O Museu de História Natural é o mais antigo museu em funcionamento no Arquipélago da Madeira, inaugurado oficialmente a 5 de Outubro de 1933. Está instalado no Palácio de São Pedro, no Funchal, uma das mais significativas obras da arquitetura civil portuguesa, dos meados do século XVIII, mandado construir pela família Carvalhal.
Após a sua aquisição pela Câmara Municipal do Funchal, em 19 de setembro de 1929, ali foram instaladas a Biblioteca Municipal do Funchal, o Museu Regional da Madeira e o Arquivo Regional da Madeira.
Atualmente, apenas funciona no edifício o Museu de História Natural do Funchal, a sua Biblioteca Científica e o Aquário Municipal.
As coleções de estudo do museu atingem atualmente mais de 41.166 exemplares, nomeadamente de espécies de peixes, aves, mamíferos terrestres e marinhos, répteis marinhos, insetos e outros invertebrados, plantas e uma representativa coleção de rochas e minerais do arquipélago, assim como fósseis marinhos do Porto Santo.
O Aquário Municipal, localizado no rés-do-chão do Palácio de São Pedro, apresenta 15 tanques de exposição, nos quais se encontram representados os mais importantes elementos da fauna marinha da costa da Madeira.
O Jardim de Plantas Aromáticas e Medicinais também faz parte integrante deste edifício. Ao longo dos seus 560 m2, o visitante pode observar algumas dezenas de plantas medicinais e aromáticas, assim como plantas indígenas e endémicas do Arquipélago.
